Software detectaría en tiempo récord variantes del SARS-CoV-2

Este proceso de vigilancia genómica, liderado por el Instituto de Genética de la Universidad Nacional de Colombia (UNAL) Sede Bogotá (IGUN) y en el cual también participan el Instituto de Biotecnología (IBUN) de la misma Sede, la Universidad del Rosario y el Instituto Nacional de Salud (INS), estaría a la par con países como Estados Unidos e incluso de la Unión Europea.

El desarrollo computacional les permitirá a las 20 instituciones que se encargan de esta vigilancia en el país, que los datos genéticos del virus, luego de su secuenciación, sean comparados con la información mundial y se establezca qué tipo de variantes del nuevo coronavirus hay en el país, su prevalencia en las muestras y dónde circula, prácticamente en tiempo real.

Los estudios genómicos del virus permiten determinar cadenas de trasmisión, variabilidad genética y evolución viral para entender las dinámicas de introducciones y dispersión viral.

El profesor de bioinformática Andrés Mauricio Pinzón Velasco, del IGUN, líder del desarrollo tecnológico, aseguró que “de esta forma las autoridades, epidemiólogos, médicos y personas en general podrán acceder a datos unificados, precisos y actuales sobre el comportamiento de las diferentes variantes de COVID-19, con base en su rastreo genético, y se podrán implementar estrategias y políticas públicas más eficientes para frenar el contagio”.

“La UNAL Sede Bogotá es una de las 20 instituciones del país que trabajan en el rastreo de RNA para este virus; el INS nos envía un promedio de 300 muestras cada 15 o 20 días para obtener la secuencia genómica. Acá, inicialmente se clasifican y se verifica la calidad de la muestra, pues no todas son aptas para ser secuenciadas, un proceso liderado por la profesora Marta Murcia, de la Facultad de Medicina”, explica el experto.

“Luego se procede a descifrar el código genético que tiene el virus, algo así como leerlo, una tarea que desarrolla el doctor Emiliano Barreto y su equipo de investigación en el IBUN. Por último, esta información debe ser analizada computacionalmente para descubrir y clasificar las variantes que circulan en nuestro país y deben ser reportadas al INS y a otros entes internacionales, tarea que finalmente desarrollamos acá en el Instituto de Genética”, añade.

Secuencias del genoma

El investigador de la UNAL precisa que el componente genético del SARS-CoV-2 tiene casi 30.000 letras, y durante la secuenciación se descifran y se convierten en archivos de texto para poder leerlos. A partir de allí, el Grupo de Bioinformática y Biología de Sistemas del IGUN organiza esos archivos, los clasifica y se comparan con toda la información mundial reportada en la base de datos GISAID, portal que alberga las secuencias del genoma y los datos epidemiológicos y clínicos de más de 1,7 millones de secuencias de SARS-CoV-2. Luego computacionalmente se establece qué tipo de variante es y se sacan estadísticas.

La ampliación de la capacidad y velocidad de cómputo en la que trabaja la UNAL –que permitiría una lectura anticipada y oportuna del comportamiento de las variantes del SARS-CoV-2 en el país y sus mutaciones– proporciona información crucial para políticas de salud pública y para tomar medidas más efectivas que permitan entender y controlar la pandemia de una forma más eficaz, basadas en datos científicos.

Según la OMS, Colombia es el país más veloz de Latinoamérica en reportar sus secuencias, con un promedio de 40 días (el promedio de la región es de 60 días). Después están Brasil, Argentina, Chile y Perú. Reino Unido es el país con el mejor tiempo de reporte, 16 días, mientras Estados Unidos tarda entre 25 y 26 días, y Canadá 88.