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La evolución del paisaje y la biota amazónicos se remonta a miles de años atrás, incluso antes de que esa gran masa de tierra llamada Pangea se separara. Pero es a partir del periodo Jurásico cuando América se empieza a fragmentar, y especialmente Suramérica se vuelve una especie de isla cuando la configuración del Amazonas se dispone para albergar la mayor riqueza.
En el Mioceno, 23 millones de años atrás, había un bosque muy similar al actual; sin embargo, no existía la cadena montañosa por lo que los ríos corrían en dirección opuesta y formaban grandes lagunas y no albergaban tanta variedad animal y vegetal.
El choque de placas y el levantamiento de los Andes creó una barrera en todo el extremo occidental del continente, provocando más precipitación, más erosión y un cambio en el sistema fluvial determinante en el Amazonas de hoy: el río Amazonas.
Todo cambió, según la profesora Carina Hoorn, invitada a la línea de conferencias programadas por el posgrado en Bosques y Conservación Ambiental de la UN, y por esto "podemos decir que los Andes y la Amazonia tienen una historia realmente entrelazada. Que no pueden verse las dos cosas por separado, porque sabemos, por los registros geológicos, que influyó de una forma muy importante en toda la evolución del paisaje, y que las implicaciones de esta evolución es que se formó el actual sistema fluvial y eso llevó consigo al establecimiento de los actuales bosques".
Factores como el tiempo, el clima, los desarrollos geológicos y los mecanismos de dispersión de las especies son factores fundamentales de lo que hoy compone la biota y el paisaje amazónicos. Sin embargo, los investigadores tienen que incluir esa barrera montañosa que son los Andes, pues es causa de la transformación de todo lo anterior.
En relación con este tema, la UN adelanta varias investigaciones sobre el tema. Una es la del profesor de la Sede Medellín Álvaro Duque, quien se encuentra recopilando una muestra lo suficientemente grande en un tipo de bosques amazónicos que permita monitorear la diversidad y otros servicios ecosistémicos. Se escogió la Amazonia porque es la masa forestal más grande del mundo.