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En términos de la historia, en su segundo viaje, Cristóbal Colón arribó a la isla de La Española (hoy República Dominicana y Haití) con 17 embarcaciones en las que transportaba semillas, perros, vacas, asnos y caballos provenientes de aquellas tierras.
Fuentes como el Atlas Agropecuario de Costa Rica o la revista argentina Todo es Historia relatan que al Nuevo Mundo llegó una mezcla de caballos entre árabe, berberisco de España y andaluz.
Reconstruir genéticamente la historia de los caballos que trajeron los conquistadores al continente americano fue el estudio emprendido por Ligia Mercedes Jiménez, docente de la Facultad de Medicina Veterinaria y de Zootecnia de la U.N., con el fin de comprobar científicamente que el linaje materno de los equinos colombianos procede de la península ibérica (España y Portugal).
Según la profesora Jiménez, los equinos eran jamelgos o jacas sevillanas, ejemplares de poca alzada, abundantes en el territorio europeo y, supuestamente, provenientes de Inglaterra. Se dice que por su fortaleza y resistencia eran utilizados para labores agrícolas, en los ejércitos y para tirar de los carruajes.
Colombia abrió las puertas a estos animales, junto con otras expediciones que penetraron por la Costa Caribe del país (Golfo de Urabá y Santa Marta) y por las costas de Venezuela. Los ejemplares se fueron dispersando y adaptando a la topografía colombiana, como la del altiplano cundiboyacense y la del suroeste antioqueño, donde se desarrollaron y aún permanecen.
En consecuencia, para el avance de la investigación se requirieron 64 muestras de ADN de razas nacionales (criollo de vaquería del Casanare, criollo de vaquería del Meta y paso fino colombiano) y 51 de razas españolas. El material genético fue obtenido a partir de la sangre y de las crines del cuello de los equinos.
A las muestras recogidas, tanto por la U.N. como por la institución española, se les extrajo el ADN mitocondrial, elemento clave de la investigación, que se transmite de madres a hijos e hijas, por lo que todos los descendientes tienen este componente idéntico.
De igual manera, la información genética permitió concluir que los linajes mitocondriales más frecuentes en los caballos colombianos se encontraban presentes en las poblaciones de España y Portugal de aquel entonces y que se comparten con las razas actuales.
Un 58 % de los caballos colombianos y un 53 % de las razas españolas poseen haplotipos del linaje materno más representativo de las poblaciones ibéricas. El grupo con segunda mayor representación es el identificado en los marismeños, raza considerada primitiva en esas tierras, con un 17 % de presencia en nuestro país y un 19 % en España.
Además, se encontró que los linajes maternos de los ponis de origen celta y vikingos ancestrales se encuentran en el 11 % de los equinos colombianos y en un 8 % de los españoles.