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Software calcula propiedades de proteínas

El programa informático PepMultiFinder 1.0 ha permitido identificar fragmentos de proteínas de distintos orígenes con potencial antimicrobiano, antitumoral y antiviral.

Medellín, 02 de mayo de 2018Agencia de Noticias UN-

PepMultiFinder 1.0 está disponible para el sistema operativo Windows. Fotos: cortesía Sergio Orduz

El software pide seleccionar el archivo que contiene las secuencias de proteínas que se van a analizar.

Al hacer clic en “calcular” el software busca en los péptidos las propiedades requeridas.

Los resultados se pueden guardar en archivos de Excel.

El software ha tenido dos versiones anteriores.

Sergio Orduz, profesor de la Escuela de Biociencias de la Universidad Nacional de Colombia (U.N.) Sede Medellín. Foto: Unimedios.

El objetivo de este software es facilitar el tiempo y el trabajo de buscar moléculas antibióticas pequeñas que no hayan estado en contacto con aquellos microorganismos evolucionados durante millones de años y que han desarrollado resistencia al ataque de antibióticos, y a partir de estas crear otras.

La necesidad tiene que ver con que “muchas enfermedades causadas por virus o bacterias requieren nuevas moléculas para su tratamiento. Lo que se ha hecho es buscar en la naturaleza microbios que produzcan un antibiótico, aunque en ella también hay genes resistentes a ellos, por lo que se requieren unos nuevos”.

“Gracias a este programa se han identificado tanto moléculas derivadas de una bacteria y del virus que causa la influenza como de otras importantes para tratar microorganismos que causan infecciones en los ojos y en la piel”, explica Sergio Orduz, profesor de la Escuela de Biociencias de la Universidad Nacional de Colombia (U.N.) Sede Medellín.

El software funciona para el sistema operativo Windows y se ha perfeccionado desde 2013, cuando se desarrolló su versión inicial. En ese entonces solo permitía analizar una proteína y calcular propiedades fisicoquímicas como carga y porcentaje de aminoácidos.

PepMultiFinder 1.0 ofrece dos opciones: ingresar datos de un conjunto de proteínas que determinan un organismo cualquiera, o hacer una lista seleccionada de proteínas mediante archivos en un formato específico preparado previamente.

Para la última adaptación se quiso cuantificar e incluir la distribución de las propiedades fisicoquímicas a lo largo de las moléculas, específicamente de péptidos, según su ubicación en la secuencia de aminoácidos que lo conforman.

La modificación más reciente del software, realizada en 2017, consistió en automatizarlo para estudiar varias proteínas, de varios orígenes. El programa informático muestra los resultados después de que el usuario ajusta los filtros de datos necesarios para el análisis.

“En un principio trabajábamos casi que a mano, especialmente el profesor de la U.N. Viktor Lemeshko. Se leían las secuencias de una proteína y se decidía qué regiones de ella podrían tener valor antimicrobiano”, manifiesta el académico.

Agrega que es un trabajo arduo, de mucho tiempo y que solo lo pueden realizar expertos. Con ese argumento el profesor comenzó a vincular a estudiantes de Ingeniería Biológica y de Sistemas para desarrollar el software.

El uso del PepMultiFinder 1.0 permitió acortar los tiempos de las investigaciones, pasando de cuatro años a ocho meses.

El software, registrado a nombre de la U.N., es el único de este tipo en Colombia y actualmente se usa para investigación, aunque también es útil en docencia.

En general es de interés académico, ya que, según el profesor “para las compañías farmacéuticas es más rentable tratar enfermedades como Alzheimer o diabetes porque los pacientes requieren tomar el medicamento de por vida; de ahí que no tienen tanto interés en desarrollar nuevos antibióticos”.

(Por: Fin/KAGG/MLA/LOF
)
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