Escudo de la República de Colombia

Ciencia & Tecnología

Software calcula propiedades de proteínas

El programa informático PepMultiFinder 1.0 ha permitido identificar fragmentos de proteínas de distintos orígenes con potencial antimicrobiano, antitumoral y antiviral.

Medellín, 02 de mayo de 2018Agencia de Noticias UN-

PepMultiFinder 1.0 está disponible para el sistema operativo Windows. Fotos: cortesía Sergio Orduz

El software pide seleccionar el archivo que contiene las secuencias de proteínas que se van a analizar.

Al hacer clic en “calcular” el software busca en los péptidos las propiedades requeridas.

Los resultados se pueden guardar en archivos de Excel.

El software ha tenido dos versiones anteriores.

Sergio Orduz, profesor de la Escuela de Biociencias de la Universidad Nacional de Colombia (U.N.) Sede Medellín. Foto: Unimedios.

El objetivo de este software es facilitar el tiempo y el trabajo de buscar moléculas antibióticas pequeñas que no hayan estado en contacto con aquellos microorganismos evolucionados durante millones de años y que han desarrollado resistencia al ataque de antibióticos, y a partir de estas crear otras.

La necesidad tiene que ver con que “muchas enfermedades causadas por virus o bacterias requieren nuevas moléculas para su tratamiento. Lo que se ha hecho es buscar en la naturaleza microbios que produzcan un antibiótico, aunque en ella también hay genes resistentes a ellos, por lo que se requieren unos nuevos”.

“Gracias a este programa se han identificado tanto moléculas derivadas de una bacteria y del virus que causa la influenza como de otras importantes para tratar microorganismos que causan infecciones en los ojos y en la piel”, explica Sergio Orduz, profesor de la Escuela de Biociencias de la Universidad Nacional de Colombia (U.N.) Sede Medellín.

El software funciona para el sistema operativo Windows y se ha perfeccionado desde 2013, cuando se desarrolló su versión inicial. En ese entonces solo permitía analizar una proteína y calcular propiedades fisicoquímicas como carga y porcentaje de aminoácidos.

PepMultiFinder 1.0 ofrece dos opciones: ingresar datos de un conjunto de proteínas que determinan un organismo cualquiera, o hacer una lista seleccionada de proteínas mediante archivos en un formato específico preparado previamente.

Para la última adaptación se quiso cuantificar e incluir la distribución de las propiedades fisicoquímicas a lo largo de las moléculas, específicamente de péptidos, según su ubicación en la secuencia de aminoácidos que lo conforman.

La modificación más reciente del software, realizada en 2017, consistió en automatizarlo para estudiar varias proteínas, de varios orígenes. El programa informático muestra los resultados después de que el usuario ajusta los filtros de datos necesarios para el análisis.

“En un principio trabajábamos casi que a mano, especialmente el profesor de la U.N. Viktor Lemeshko. Se leían las secuencias de una proteína y se decidía qué regiones de ella podrían tener valor antimicrobiano”, manifiesta el académico.

Agrega que es un trabajo arduo, de mucho tiempo y que solo lo pueden realizar expertos. Con ese argumento el profesor comenzó a vincular a estudiantes de Ingeniería Biológica y de Sistemas para desarrollar el software.

El uso del PepMultiFinder 1.0 permitió acortar los tiempos de las investigaciones, pasando de cuatro años a ocho meses.

El software, registrado a nombre de la U.N., es el único de este tipo en Colombia y actualmente se usa para investigación, aunque también es útil en docencia.

En general es de interés académico, ya que, según el profesor “para las compañías farmacéuticas es más rentable tratar enfermedades como Alzheimer o diabetes porque los pacientes requieren tomar el medicamento de por vida; de ahí que no tienen tanto interés en desarrollar nuevos antibióticos”.

(Por: Fin/KAGG/MLA/LOF
)
N.° 524

Otras noticias

Tres laboratorios, además de áreas de descanso y comedor, albergarán a los investigadores. Foto: Nicolás Bojacá – Unimedios.

Educación

marzo 22 de 2019

Laboratorios Max Planck amplían escenario de investigación del país

Con la inauguración oficial de estos espacios, en los que trabajarán los...

Los pares académicos destacaron la calidad de los docentes y el desempeño de los estudiantes y egresados del programa. Foto: Ricardo González - Unimedios.

Educación

marzo 22 de 2019

Maestría en Ingeniería Eléctrica, motor de energías alternativas

La calidad de los docentes y el desempeño de los profesionales en las áreas de...

Estudiantes de Ingeniería Electrónica creadores de la herramienta. Fotos: Juan David Martínez - Unimedios Manizales

Ciencia & Tecnología

marzo 22 de 2019

Dispositivo facilita consulta de libros en bibliotecas

Guide Book es el nombre de este prototipo que le facilita a la comunidad...

La planta produce más semillas y es más pequeña que el tomate cherry. Fotos: cortesía Martha Orozco y equipo

Ciencia & Tecnología

marzo 22 de 2019

Egresada de la U.N. desarrolla la planta de tomate más pequeña del mundo

Produce frutos en tan solo dos meses después de sembrada, tiene una excelente...

Los cursos se dictarán gracias al acuerdo suscrito entre la U.N. y la Agencia de Cooperación y Coordinación Turca – TIKA, logrado por la DRE. Foto: Luis Palacios - Unimedios.

Educación

marzo 22 de 2019

Cultura turca despierta interés por su idioma

Con experiencia en la enseñanza de la lengua turca y de la historia política de...

El aumento de la producción de bioetanol de caña de azúcar provocaría desabastecimiento de agua. Fotos: Unimedios

Medioambiente

marzo 22 de 2019

Bioetanol de caña de azúcar provocaría competencia por el agua

El agua requerida para producir bioetanol de caña de azúcar equivale a 9.000...

El estudio se desarrolló con mujeres entre los 10 y 19 años de una localidad del sur de Bogotá y con hasta cinco intentos de suicidio. Foto: Agencia de Noticias - Unimedios

Salud

marzo 22 de 2019

Conflictos familiares, factor de riesgo en intentos de suicidio

Pérdida del año, diferencias con los padres, hermanos y pareja, soledad,...

La U.N. es la primera institución educativa dentro de las 100 organizaciones con mayor responsabilidad social.

Economía & Organizaciones

marzo 21 de 2019

La U.N. se mantiene entre las 10 empresas más responsables del país

Por segundo año consecutivo, la Universidad Nacional de Colombia (U.N.) es...

La Maestría en Gobierno Urbano es un programa interdisciplinar para entender los fenómenos urbanos.

Educación

marzo 21 de 2019

Decisiones territoriales, eje de la Maestría en Gobierno Urbano

Conocer cómo se deben tomar esas decisiones de los territorios, no en términos...

La alimentación por medio de pastoreo es una práctica que aporta al bienestar de los bovinos. Foto: Carlos Cedeño.

Desarrollo Rural

marzo 21 de 2019

Bienestar del ganado influye en calidad de la carne

La consistencia, la textura, el color, el pH y la retención de agua de la carne...